Presumo que está relacionado com o facto de que nas cidades, não há paisagem nem natureza, e a maioria do estacionamento é nas zonas urbanas.
De facto o Handbook não considera o espaço como uma externalidade.
Está relacionado, julgo, com a própria definição de externalidade. Quando estacionas o carro ocupando espaço não geras custos a terceiros. Quando se constrói uma autoestrada pelo meio da floresta, geras um custo. Como se mensura esse custo, como bem refere o @ZeM é muito subjetivo, apesar de haver métodos de cálculo objetivos. Por exemplo para a sinistralidade rodoviária, são considerados os valores dos prémios dos seguros de vida, que têm em conta quanto a pessoa, numa certa idade, devolveria à economia com trabalho e produtividade. No caso da natureza, não sei o método, mas eles no Handbook da TUDelft explicam a metodologia.
PS: julgo que em Lisboa, de facto, o estacionamento deveria ser externalidade negativa, porque o custo que tem o estacionamento em Lisboa (12€/ano para residentes) é ridiculamente baixo que vai de certeza ser imputado aos outros. Julgo que foi considerado um caso “normal”.